Les musées de la ville du Mans possèdent une section d'histoire naturelle depuis leur création en 1799. Plusieurs sites ont successivement accueilli ces collections.
Le premier musée était situé dans les locaux de l'abbaye de la Couture jusqu'en 1927, date à laquelle il est transféré dans l'actuel Musée de Tessé. Durant toute cette période et jusqu'au début des années 50, les collections d'histoire naturelle ont une place importante dans les salles d'exposition. Elles passent ensuite progressivement au second plan, puis sont reléguées dans des réserves.
Dans les années 80, le fonds d'histoire naturelle devient accessible aux étudiants et aux associations, et un projet d'établissement scientifique ouvert au public est lancé. Il aboutit en juin 1995 à l'ouverture du Musée Vert dans les locaux de l'ancienne école primaire Véron de Forbonnais.